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Junto a su esposo, el también arqueólogo Louis Leakey, formaron una de las parejas de paleontólogos más famosas del siglo XX.
Mary Leakey fudirigió las excavaciones de la garganta de Olduvai, un importante yacimiento en el que se halló una mandíbula de Paranthropus boisei, que sería una pista para hallar las huellas del homo habilis.
La paleontóloga encontró junto a su esposo, los restos fosilizados de cuatro individuos de entre 1,6 y 1,8 millones de años de antigüedad, denominados Homo habilis.
Esto provocó un tenso debate entre la comunidad científica, por la antigûedad de los fósiles; años más tarde, su hijo localizó en Kenia cráneos con dos millones de años; Richard Leakey nació en Nairobi en 1944, siguió los pasos de sus padres en 1967 dirigió una expedición internacional en el valle del río Omo que duró más de 30 años y en la que se descubrieron más de 200 fósiles.